Esta decision se tomo poco despues de que el equipo turco perdiera en los play-offs de la Liga de Campeones ante el Benfica.
El estratega de 62 años firmo un contrato con el Fenerbahce en el verano de 2024 6 meses despues de dejar la AS Roma. En su primera temporada al frente del equipo de Estambul Mourinho ayudo al Fenerbahce a terminar en el subcampeonato del campeonato nacional turco pero no gano ningun titulo.
El equipo fue eliminado en los cuartos de final de la Copa Nacional se detuvo en los octavos de final de la Europa League y recientemente volvio a perderse la Liga de Campeones tras la derrota por 0-1 ante el Benfica en el partido de vuelta (empate 0-0 de ida).
El unico gol de Kerem Akturkoglu en la primera parte hizo que el Fenerbahce tuviera que aceptar jugar en la Europa League. Anteriormente el vicepresidente Hamdi Akin del Fenerbahce habia declarado con confianza que el equipo superaria facilmente al Benfica.
Mourinho ha dirigido muchos grandes equipos de Europa como el Chelsea el Manchester United y el Tottenham. Con el Fenerbahce se convirtio en el segundo entrenador en jefe relacionado con el Manchester United en dejar un equipo turco en la misma semana despues de que el Besiktas rescindiera su contrato con Ole Gunnar Solskjaer.